Biokepi API : Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Default

struct

    open Definition

    let bwa = create "bwa" ~version:"0.7.10"

    let samtools = create "samtools" ~version:"1.3"

    let vcftools = create "vcftools" ~version:"0.1.12b"

    let bedtools = create "bedtools" ~version:"2.23.0"

    let somaticsniper = create "somaticsniper" ~version:"1.0.3"

    let varscan = create "varscan" ~version:"2.3.5"

    let picard = create "picard" ~version:"1.127"

    let mutect = create "mutect" (* We don't know the versions of the users' GATKs *)

    let gatk = create "gatk" (* idem, because of their non-open-source licenses *)

    let strelka = create "strelka" ~version:"1.0.14"

    let virmid = create "virmid" ~version:"1.1.1"

    let muse = create "muse" ~version:"1.0b"

    let star = create "star" ~version:"2.4.1d"

    let stringtie = create "stringtie" ~version:"1.2.2"

    let cufflinks = create "cufflinks" ~version:"2.2.1"

    let hisat = create "hisat" ~version:"0.1.6-beta"

    let hisat2 = create "hisat" ~version:"2.0.2-beta"

    let mosaik = create "mosaik" ~version:"2.2.3"

    let kallisto = create "kallisto" ~version:"0.42.3"

    let bowtie = create "bowtie" ~version:"1.1.2"

    let optitype = create "optitype" ~version:"1.0.0"

    let seq2hla = create "seq2hla" ~version:"2.2"

  end