struct


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open Common



(** Positions are 1-based *)


type t = [
  | `Chromosome of string
  | `Chromosome_interval of string * int * int
  | `Full
]



(** Make a filename-compliant string out of a region specification. *)


let to_filename = function
| `Full -> "Full"
| `Chromosome s -> sprintf "%s" s
| `Chromosome_interval (s, b, e) -> sprintf "%s_%d-%d" s b e

let to_samtools_specification = function
| `Full -> None
| `Chromosome s -> Some s
| `Chromosome_interval (s, b, e) -> Some (sprintf "%s:%d-%d" s b e)

let to_samtools_option r =
  match to_samtools_specification r with
  | Some s -> sprintf "-r %s" s
  | None -> ""

let to_gatk_option r =
  match to_samtools_specification r with
  | Some s -> sprintf "--intervals %s" s
  | None -> ""

let parse_samtools s =
  match String.split ~on:(`Character ':') s with
  | [] -> assert false
  | [one] -> `Chromosome one
  | [one; two] ->
    begin match String.split ~on:(`Character '-') two with
    | [left; right] ->
      begin match Int.of_string left, Int.of_string right with
      | Some b, Some e -> `Chromosome_interval (one, b, e)
      | _ -> failwithf "Cannot parse %S into 2 loci" two
      end
    | _ -> failwithf "Not one '-' in %S" two
    end
  | _ -> failwithf "Not one or zero ':' in %S" s


let cmdliner_term () =
  let open Cmdliner in
  Term.(
    pure (function
      | None -> `Full
      | Some s -> parse_samtools s)
    $ Arg.(
        value & opt (some string) None
        & info ["R"; "region"] ~docv:"REGION"
          ~doc:"Specify a region; using samtools' format"
      )
  )
end