let call_gatk ~analysis ?(region=`Full) args =
  let open KEDSL.Program in
  let escaped_args = List.map ~f:Filename.quote args in
  let intervals_option = Region.to_gatk_option region in
  sh (String.concat ~sep:" "
        ("java -jar $GATK_JAR -T " :: analysis :: intervals_option :: escaped_args))