let create_dict ~(run_with:Machine.t) fasta =
  let open KEDSL in
  let picard_create_dict =
    Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.picard in
  let src = fasta#product#path in
  let dest = sprintf "%s.%s" (Filename.chop_suffix src ".fasta") "dict" in
  let program =
    Program.(Machine.Tool.(init picard_create_dict) &&
             shf "java -jar $PICARD_JAR CreateSequenceDictionary R= %s O= %s"
               (Filename.quote src) (Filename.quote dest)) in
  let name = sprintf "picard-create-dict-%s" Filename.(basename src) in
  let make =
    Machine.run_stream_processor run_with program ~name
      ~self_ids:["picard"; "create-dict"] in
  let host = Machine.(as_host run_with) in
  workflow_node (single_file dest ~host) ~name ~make
    ~edges:[
      depends_on fasta; depends_on Machine.Tool.(ensure picard_create_dict);
      on_failure_activate (Remove.file ~run_with dest);
    ]