let sort_bam_no_check ~(run_with:Machine.t) ~by input_bam =
  let source = input_bam#product#path in
  let dest_suffix =
    match by with
    | `Coordinate -> "sorted"
    | `Read_name -> "read-name-sorted"
  in
  let dest_prefix =
    sprintf "%s-%s" (Filename.chop_suffix source ".bam") dest_suffix in
  let dest = sprintf "%s.%s" dest_prefix "bam" in
  let product =
    KEDSL.transform_bam ~change_sorting:by input_bam#product ~path:dest in
  let processors = Machine.max_processors run_with in
  let make_command src des =
    let command = ["-@"; Int.to_string processors; src;
                   "-T"; dest_prefix; "-o"; dest] in
    match by with
    | `Coordinate -> "sort" :: command
    | `Read_name -> "sort" :: "-n" :: command
  in
  do_on_bam ~run_with input_bam ~product ~make_command
    ~more_requirements:[`Memory `Big; `Processors processors]
    ~name:(sprintf "Samtools-sort %s"
             Filename.(basename input_bam#product#path))