let align
    ~reference_build
    ~fastq
    ~(result_prefix:string)
    ~(run_with : Machine.t)
    ?(configuration=Configuration.Align.default)
    () =
  let open KEDSL in
  let reference_fasta =
    Machine.get_reference_genome run_with reference_build
    |> Reference_genome.fasta in
  let in_work_dir =
    Program.shf "cd %s" Filename.(quote (dirname result_prefix)) in
  let star_tool = Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.star in
  let star_index = index ~reference_build ~run_with in
  let reference_dir = (Filename.dirname reference_fasta#product#path) in
  let star_index_dir = sprintf "%s/star-index/" reference_dir in
  (* STAR appends Aligned.sortedByCoord.out.bam to the filename *)
  let result = sprintf "%sAligned.sortedByCoord.out.bam" result_prefix in
  let r1_path, r2_path_opt = fastq#product#paths in
  let name = sprintf "star-rna-align-%s" (Filename.basename r1_path) in
  let processors = Machine.max_processors run_with in
  let star_base_command = sprintf
      "STAR --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outSAMstrandField intronMotif --outSAMattributes NH HI NM MD --outFilterIntronMotifs RemoveNoncanonical --genomeDir %s --runThreadN %d --outFileNamePrefix %s --outSAMattrRGline %s %s --readFilesIn %s"
      (Filename.quote star_index_dir)
      processors
      result_prefix
      (sprintf "ID:%s SM:\"%s\""
         (Filename.basename r1_path)
         fastq#product#sample_name)
      (Configuration.Align.render configuration
       |> String.concat ~sep:" ")
      (Filename.quote r1_path)
  in
  let base_star_target ~star_command =
    workflow_node ~name
      (bam_file
         ~sorting:`Coordinate
         ~host:(Machine.(as_host run_with))
         ~reference_build
         result)
      ~edges:[
        on_failure_activate (Remove.file ~run_with result);
        depends_on reference_fasta;
        depends_on star_index;
        depends_on fastq;
        depends_on Machine.Tool.(ensure star_tool);
      ]
      ~tags:[Target_tags.aligner]
      ~make:(Machine.run_big_program run_with ~processors ~name
               ~self_ids:["star"; "align"]
               Program.(
                 Machine.Tool.(init star_tool)
                 && in_work_dir
                 && sh star_command
               ))
  in
  match r2_path_opt with
  | Some read2 ->
    let star_command =
      String.concat ~sep:" " [
        star_base_command;
        (Filename.quote read2);
      ] in
    base_star_target ~star_command
  | None ->
    let star_command = star_base_command in
    base_star_target ~star_command