let run
    ~configuration
    ~(run_with:Machine.t)
    ~bam
    ~result_prefix () =
  let open KEDSL in
  let name = sprintf "stringtie-%s" (Filename.basename result_prefix) in
  let result_file suffix = result_prefix ^ suffix in
  let output_dir = result_file "-stringtie_output" in
  let output_file_path = output_dir // "output.gtf" in
  let reference_genome =
    Machine.get_reference_genome run_with bam#product#reference_build in
  let reference_fasta = Reference_genome.fasta reference_genome in
  let sorted_bam =
    Samtools.sort_bam_if_necessary ~run_with ~by:`Coordinate bam in
  let reference_annotations =
    let gtf = Reference_genome.gtf reference_genome in
    let use_the_gtf = configuration.Configuration.use_reference_gtf in
    match use_the_gtf, gtf with
    | true, Some some -> Some some
    | false, _ -> None
    | true, None ->
      failwithf "Stringtie: use_reference_gtf is `true` but the genome %s does not provide one (use another genome or allow this to run without GTF by giving another Configuration.t)"
        (Reference_genome.name reference_genome)
  in
  let stringtie_tool =
    Machine.get_tool run_with Machine.Tool.Default.stringtie in
  let processors = Machine.max_processors run_with in
  let make =
    let reference_annotations_option =
      Option.value_map ~default:"" reference_annotations
        ~f:(fun o -> sprintf "-G %s" Filename.(quote o#product#path)) in
    Machine.run_big_program run_with ~name ~processors
      ~self_ids:["stringtie"]
      Program.(
        Machine.Tool.init stringtie_tool
        && shf "mkdir -p %s" output_dir
        && shf "stringtie %s -p %d %s -o %s "
          sorted_bam#product#path
          processors
          reference_annotations_option
          output_file_path
      )
  in
  let edges =
    Option.value_map ~default:[] reference_annotations
      ~f:(fun o -> [depends_on o])
    @ [
      depends_on sorted_bam;
      depends_on reference_fasta;
      depends_on (Machine.Tool.ensure stringtie_tool);
      depends_on (Samtools.index_to_bai ~run_with sorted_bam);
    ]
  in
  workflow_node ~name ~make ~edges
    (single_file output_file_path ~host:(Machine.as_host run_with))