let somatic_map_reduce
    ?(more_edges = []) ~run_with ?adjust_mapq
    ~normal ~tumor ~result_prefix () =
  let run_on_region region =
    let result_prefix = result_prefix ^ "-" ^ Region.to_filename region in
    somatic_on_region ~run_with
      ?adjust_mapq ~normal ~tumor ~result_prefix region in
  let reference =
    Machine.get_reference_genome run_with normal#product#reference_build in
  let targets =
    List.map (Reference_genome.major_contigs reference)
      ~f:run_on_region in
  let final_vcf = result_prefix ^ "-merged.vcf" in
  Vcftools.vcf_concat ~run_with targets ~final_vcf ~more_edges