let default_toolkit
    ~run_program
    ~host ~install_tools_path
    ?(mutect_jar_location = default_jar_location "Mutect")
    ?(gatk_jar_location = default_jar_location "GATK")
    () =
  let install installable =
    render_installable_tool ~host installable ~install_tools_path ~run_program
  in
  Machine.Tool.Kit.concat [
    Machine.Tool.Kit.of_list [
      mutect_tool ~run_program ~host ~install_tools_path (mutect_jar_location ());
      gatk_tool ~run_program ~host ~install_tools_path (gatk_jar_location ());
      install bwa;
      install samtools;
      install bedtools;
      install vcftools;
      install strelka;
      install picard;
      install somaticsniper;
      install varscan;
      install muse;
      install virmid;
      install star;
      install stringtie;
      install cufflinks;
      install @@ hisat Machine.Tool.Default.hisat;
      install @@ hisat Machine.Tool.Default.hisat2;
      install mosaik;
      install kallisto;
    ];
    Biopam.default ~run_program ~host
      ~install_path:(install_tools_path // "biopam-kit") ();
  ]