let fastq_of_files  ~sample_name ?fragment_id ~r1 ?r2 () =
    let is_gz r =
      Filename.check_suffix r1 ".gz" || Filename.check_suffix r1 ".fqz"
    in
    match is_gz r1, is_gz r2 with
    | true, true ->
      Bfx.(fastq_gz ~sample_name ?fragment_id ~r1 ?r2 () |> gunzip)
    | false, false ->
      Bfx.(fastq ~sample_name ?fragment_id ~r1 ?r2 ())
    | _ ->
      failwithf "fastq_of_files: cannot handle mixed gzipped and non-gzipped fastq pairs (for a given same fragment)"