let gatk_bqsr ?(configuration = Tools.Gatk.Configuration.default_bqsr) =
    let (bqsr, preads) = configuration in
    one_to_one "gatk_bqsr"
      (sprintf "B%s-PR%s"
         bqsr.Tools.Gatk.Configuration.Bqsr.name
         preads.Tools.Gatk.Configuration.Print_reads.name)