let picard_mark_duplicates
      ?(configuration = Tools.Picard.Mark_duplicates_settings.default) bam =
    let input_bam = get_bam bam in
    let output_bam = 
      (* We assume that the settings do not impact the actual result. *)
      Filename.chop_extension input_bam#product#path ^ "_markdup.bam" in
    Bam (
      Tools.Picard.mark_duplicates ~settings:configuration
        ~run_with ~input_bam output_bam
    )