let stringtie ?(configuration = Tools.Stringtie.Configuration.default) bamt =
    let bam = get_bam bamt in
    let result_prefix =
      Filename.chop_extension bam#product#path
      ^ sprintf "_stringtie-%s"
        (configuration.Tools.Stringtie.Configuration.name)
    in
    Gtf (Tools.Stringtie.run ~configuration ~bam ~result_prefix ~run_with ())