let varscan_somatic ?adjust_mapq =
    somatic_vc "varscan_somatic" (fun () ->
        sprintf "Amq%s"
          (Option.value_map adjust_mapq ~default:"N" ~f:Int.to_string))
      ()
      (fun
        ~configuration ~run_with
        ~normal ~tumor ~result_prefix ->
        Tools.Varscan.somatic_map_reduce ?adjust_mapq
          ~run_with ~normal ~tumor ~result_prefix ())
      ~configuration:()