sig
  module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove
  module Configuration :
    sig
      module Intersect :
        sig
          type t = { params : string list; with_headers : bool; }
          val default : Biokepi_bfx_tools.Bedtools.Configuration.Intersect.t
          val render :
            Biokepi_bfx_tools.Bedtools.Configuration.Intersect.t -> string
        end
    end
  val bamtofastq :
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    sample_type:[< `Paired_end | `Single_end ] ->
    output_prefix:string ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    < escaped_sample_name : string; fragment_id : string option;
      fragment_id_forced : string;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      paths : string * string option;
      r1 : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.single_file
           Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node;
      r2 : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.single_file
           Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node option;
      sample_name : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
  val intersect :
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Bedtools.Configuration.Intersect.t ->
    primary:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t
                        option;
              path : string; .. >
            Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    intersect_with:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t
                               option;
                     path : string; .. >
                   Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node list ->
    string ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end