sig
  val default_gap_open_penalty : int
  val default_gap_extension_penalty : int
  module Common :
    sig
      type t = {
        name : string;
        gap_open_penalty : int;
        gap_extension_penalty : int;
      }
      val default : Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Common.t
      val name : Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Common.t -> string
      val to_json :
        Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Common.t ->
        [> `Assoc of (string * [> `Int of int | `String of string ]) list ]
    end
  module Aln = Common
  module Mem = Common
end