functor () ->
  sig
    type t = {
      name : string;
      filter_reads_with_n_cigar : bool;
      filter_mismatching_base_and_quals : bool;
      filter_bases_not_stored : bool;
      parameters : (string * string) list;
    }
    val name : Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t -> string
    val to_json :
      Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t -> Yojson.Basic.json
    val render :
      Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t -> string list
    val default : Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Gatk_config.t
  end