sig
  type t = {
    name : string;
    use_dbsnp : bool;
    use_cosmic : bool;
    additional_arguments : string list;
  }
  val create :
    ?use_dbsnp:bool ->
    ?use_cosmic:bool ->
    string -> string list -> Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t
  val to_json :
    Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t -> Yojson.Basic.json
  val default : Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t
  val compile :
    reference:Biokepi_run_environment.Reference_genome.t ->
    Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t ->
    [> `Arguments of string list ] *
    [> `Edges of Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ]
  val name : Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t -> string
end