sig
  module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove
  module Configuration :
    sig
      type t = {
        name : string;
        version : [ `V_0_1_6_beta | `V_2_0_2_beta ];
      }
      val to_json :
        Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t -> Yojson.Basic.json
      val default_v1 : Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t
      val default_v2 : Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t
      val get_tool :
        Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t ->
        Biokepi_run_environment.Machine.Tool.Definition.t
      val name : Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t -> string
    end
  val index :
    reference_build:string ->
    index_prefix:string ->
    configuration:Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
  val align :
    reference_build:string ->
    configuration:Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t ->
    fastq:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
            paths : string * string option; .. >
          Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    result_prefix:string ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    unit ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end