sig
  val index :
    reference_build:string ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
  val run :
    reference_build:string ->
    ?bootstrap_samples:int ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    processors:int ->
    fastq:< product : < paths : string * string option; .. >; .. > ->
    result_prefix:string ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end