sig
  module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove
  val index :
    reference_build:string ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
  val align :
    reference_build:string ->
    fastq:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
            paths : string * string option; .. >
          Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    ?sequencer:string ->
    result_prefix:string ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    unit ->
    < host : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Host.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string; reference_build : string;
      sorting : [ `Coordinate | `Read_name ] option >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end