sig
  module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove
  module Configuration :
    sig
      type t = { name : string; input_type : [ `WES | `WGS ]; }
      val name : Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t -> string
      val input_type_to_string : [< `WES | `WGS ] -> string
      val to_json :
        Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t ->
        [> `Assoc of (string * [> `String of string ]) list ]
      val default : [ `WES | `WGS ] -> Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t
      val wgs : Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t
      val wes : Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t
    end
  val run :
    configuration:Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    normal:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file
           Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    tumor:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file
          Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    result_prefix:string ->
    ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->
    [< `Map_reduce
     | `Region of
         [< `Chromosome of string
          | `Chromosome_interval of string * int * int
          | `Full ] ] ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end