sig
  module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove
  module Configuration :
    sig
      type t = {
        name : string;
        with_cosmic : bool;
        with_dbsnp : bool;
        parameters : (string * string) list;
      }
      val to_json :
        Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t -> Yojson.Basic.json
      val render : Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t -> string list
      val default : Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t
      val default_without_cosmic : Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t
      val name : Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t -> string
    end
  val run :
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    normal:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file
           Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    tumor:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file
          Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    result_prefix:string ->
    ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->
    configuration:Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t ->
    [< `Map_reduce
     | `Region of
         [< `Chromosome of string
          | `Chromosome_interval of string * int * int
          | `Full ] ] ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end