sig
  module Remove = Biokepi_run_environment.Workflow_utilities.Remove
  module Configuration :
    sig
      type t = { name : string; use_reference_gtf : bool; }
      val to_json :
        Biokepi_bfx_tools.Stringtie.Configuration.t -> Yojson.Basic.json
      val default : Biokepi_bfx_tools.Stringtie.Configuration.t
    end
  val run :
    configuration:Biokepi_bfx_tools.Stringtie.Configuration.t ->
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    bam:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.bam_file
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    result_prefix:string ->
    unit ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end