sig
  module Configuration :
    sig
      type t = { name : string; parameters : (string * string) list; }
      val to_json :
        Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t -> Yojson.Basic.json
      val render : Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t -> string list
      val default : Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t
      val example_1 : Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t
      val name : Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t -> string
    end
  val run :
    run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
    normal:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t
                       option;
             path : string; reference_build : string; .. >
           Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    tumor:< is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
            path : string; .. >
          Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
    result_prefix:string ->
    ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->
    configuration:Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t ->
    unit ->
    < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
      is_done : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.Condition.t option;
      path : string >
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
end