sig
  type t = Fastq of Biokepi_pipeline_edsl.Pipeline_library.Input.fastq
  and fastq = {
    sample_name : string;
    files :
      (string option *
       Biokepi_pipeline_edsl.Pipeline_library.Input.fastq_data)
      list;
  }
  and fastq_data =
      PE of string * string
    | SE of string
    | Of_bam of [ `PE | `SE ] * [ `Coordinate | `Read_name ] option *
        string * string
  val pe :
    ?fragment_id:'a ->
    string ->
    string ->
    'a option * Biokepi_pipeline_edsl.Pipeline_library.Input.fastq_data
  val se :
    ?fragment_id:'a ->
    string ->
    'a option * Biokepi_pipeline_edsl.Pipeline_library.Input.fastq_data
  val of_bam :
    ?fragment_id:'a ->
    ?sorted:[ `Coordinate | `Read_name ] ->
    reference_build:string ->
    [ `PE | `SE ] ->
    string ->
    'a option * Biokepi_pipeline_edsl.Pipeline_library.Input.fastq_data
  val fastq_sample :
    sample_name:string ->
    (string option * Biokepi_pipeline_edsl.Pipeline_library.Input.fastq_data)
    list -> Biokepi_pipeline_edsl.Pipeline_library.Input.t
end