sig
  type 'a repr
  val lambda : ('a repr -> 'b repr) -> ('a -> 'b) repr
  val apply : ('a -> 'b) repr -> 'a repr -> 'b repr
  type 'a observation
  val observe : (unit -> 'a repr) -> 'a observation
  val list : 'a repr list -> 'a list repr
  val list_map : 'a list repr -> f:('a -> 'b) repr -> 'b list repr
  val pair : 'a repr -> 'b repr -> ('a * 'b) repr
  val pair_first : ('a * 'b) repr -> 'a repr
  val pair_second : ('a * 'b) repr -> 'b repr
  val to_unit : 'a repr -> unit repr
  val fastq :
    sample_name:string ->
    ?fragment_id:string -> r1:string -> ?r2:string -> unit -> [ `Fastq ] repr
  val fastq_gz :
    sample_name:string ->
    ?fragment_id:string ->
    r1:string -> ?r2:string -> unit -> [ `Gz of [ `Fastq ] ] repr
  val bam :
    path:string ->
    ?sorting:[ `Coordinate | `Read_name ] ->
    reference_build:string -> unit -> [ `Bam ] repr
  val gunzip : [ `Gz of 'a ] repr -> 'a repr
  val gunzip_concat : [ `Gz of 'a ] list repr -> 'a repr
  val concat : 'a list repr -> 'a repr
  val merge_bams : [ `Bam ] list repr -> [ `Bam ] repr
  val bam_to_fastq :
    sample_name:string ->
    ?fragment_id:string -> [ `PE | `SE ] -> [ `Bam ] repr -> [ `Fastq ] repr
  val bwa_aln :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Aln.t ->
    reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->
    [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr
  val bwa_mem :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Bwa.Configuration.Mem.t ->
    reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->
    [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr
  val star :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Star.Configuration.Align.t ->
    reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->
    [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr
  val hisat :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Hisat.Configuration.t ->
    reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->
    [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr
  val mosaik :
    reference_build:Biokepi_run_environment.Reference_genome.name ->
    [ `Fastq ] repr -> [ `Bam ] repr
  val stringtie :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Stringtie.Configuration.t ->
    [ `Bam ] repr -> [ `Gtf ] repr
  val gatk_indel_realigner :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.indel_realigner ->
    [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr
  val gatk_indel_realigner_joint :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.indel_realigner ->
    ([ `Bam ] * [ `Bam ]) repr -> ([ `Bam ] * [ `Bam ]) repr
  val picard_mark_duplicates :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Picard.Mark_duplicates_settings.t ->
    [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr
  val gatk_bqsr :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.bqsr ->
    [ `Bam ] repr -> [ `Bam ] repr
  val seq2hla : [ `Fastq ] repr -> [ `Seq2hla_result ] repr
  val optitype :
    [ `DNA | `RNA ] -> [ `Fastq ] repr -> [ `Optitype_result ] repr
  val gatk_haplotype_caller : [ `Bam ] repr -> [ `Vcf ] repr
  val mutect :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Mutect.Configuration.t ->
    normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr
  val mutect2 :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Gatk.Configuration.Mutect2.t ->
    normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr
  val somaticsniper :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Somaticsniper.Configuration.t ->
    normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr
  val varscan_somatic :
    ?adjust_mapq:int ->
    normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr
  val strelka :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Strelka.Configuration.t ->
    normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr
  val virmid :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Virmid.Configuration.t ->
    normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr
  val muse :
    ?configuration:Biokepi_bfx_tools.Muse.Configuration.t ->
    normal:[ `Bam ] repr -> tumor:[ `Bam ] repr -> unit -> [ `Vcf ] repr
end