sig
  module Location :
    sig
      type t =
          [ `Concat of
              Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t list
          | `Gunzip of Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t
          | `Untar of Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t
          | `Url of string
          | `Vcf_concat of
              (string * Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t)
              list ]
      val url : 'a -> [> `Url of 'a ]
      val vcf_concat : 'a -> [> `Vcf_concat of 'a ]
      val concat : 'a -> [> `Concat of 'a ]
      val gunzip : 'a -> [> `Gunzip of 'a ]
      val untar : 'a -> [> `Untar of 'a ]
    end
  type t = private {
    name : Biokepi_run_environment.??.name;
    metadata : string option;
    fasta : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t;
    dbsnp : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
    cosmic : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
    exome_gtf : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
    cdna : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
    major_contigs : string list option;
  }
  val create :
    ?metadata:string ->
    fasta:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
    ?dbsnp:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
    ?cosmic:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
    ?exome_gtf:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
    ?cdna:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
    ?major_contigs:string list ->
    string -> Biokepi_run_environment.??.Specification.t
  module Default :
    sig
      module Name :
        sig
          val b37 : Biokepi_run_environment.??.name
          val b37decoy : Biokepi_run_environment.??.name
          val b38 : Biokepi_run_environment.??.name
          val hg18 : Biokepi_run_environment.??.name
          val hg19 : Biokepi_run_environment.??.name
          val mm10 : Biokepi_run_environment.??.name
        end
      val b37 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
      val b37decoy : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
      val b38 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
      val hg18 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
      val hg19 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
      val mm10 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
    end
end