sig
  type name = string
  module Specification :
    sig
      module Location :
        sig
          type t =
              [ `Concat of
                  Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t list
              | `Gunzip of
                  Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t
              | `Untar of Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t
              | `Url of string
              | `Vcf_concat of
                  (string *
                   Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t)
                  list ]
          val url : 'a -> [> `Url of 'a ]
          val vcf_concat : 'a -> [> `Vcf_concat of 'a ]
          val concat : 'a -> [> `Concat of 'a ]
          val gunzip : 'a -> [> `Gunzip of 'a ]
          val untar : 'a -> [> `Untar of 'a ]
        end
      type t = private {
        name : Biokepi_run_environment.??.name;
        metadata : string option;
        fasta : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t;
        dbsnp : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
        cosmic : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
        exome_gtf :
          Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
        cdna : Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t option;
        major_contigs : string list option;
      }
      val create :
        ?metadata:string ->
        fasta:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
        ?dbsnp:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
        ?cosmic:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
        ?exome_gtf:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
        ?cdna:Biokepi_run_environment.??.Specification.Location.t ->
        ?major_contigs:string list ->
        string -> Biokepi_run_environment.??.Specification.t
      module Default :
        sig
          module Name :
            sig
              val b37 : Biokepi_run_environment.??.name
              val b37decoy : Biokepi_run_environment.??.name
              val b38 : Biokepi_run_environment.??.name
              val hg18 : Biokepi_run_environment.??.name
              val hg19 : Biokepi_run_environment.??.name
              val mm10 : Biokepi_run_environment.??.name
            end
          val b37 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
          val b37decoy : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
          val b38 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
          val hg18 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
          val hg19 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
          val mm10 : Biokepi_run_environment.??.Specification.t
        end
    end
  type t = private {
    specification : Biokepi_run_environment.??.Specification.t;
    location : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow;
    cosmic : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow option;
    dbsnp : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow option;
    gtf : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow option;
    cdna : Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow option;
  }
  val create :
    ?cosmic:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow ->
    ?dbsnp:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow ->
    ?gtf:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow ->
    ?cdna:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow ->
    Biokepi_run_environment.??.Specification.t ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow ->
    Biokepi_run_environment.??.t
  val name : Biokepi_run_environment.??.t -> Biokepi_run_environment.??.name
  val path : Biokepi_run_environment.??.t -> string
  val cosmic_path_exn : Biokepi_run_environment.??.t -> string
  val dbsnp_path_exn : Biokepi_run_environment.??.t -> string
  val gtf_path_exn : Biokepi_run_environment.??.t -> string
  val cdna_path_exn : Biokepi_run_environment.??.t -> string
  val major_contigs : Biokepi_run_environment.??.t -> Region.t list
  val fasta :
    Biokepi_run_environment.??.t ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow
  val cosmic_exn :
    Biokepi_run_environment.??.t ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow
  val dbsnp_exn :
    Biokepi_run_environment.??.t ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow
  val gtf_exn :
    Biokepi_run_environment.??.t ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow
  val gtf :
    Biokepi_run_environment.??.t ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow option
  val cdna_exn :
    Biokepi_run_environment.??.t ->
    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.file_workflow
end