sig
  module Remove :
    sig
      val file :
        run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
        string ->
        < is_done : Common.KEDSL.Condition.t option >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val directory :
        run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
        string ->
        < is_done : Common.KEDSL.Condition.t option >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val path_on_host :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        string ->
        < is_done : Common.KEDSL.Condition.t option >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
    end
  module Gunzip :
    sig
      val concat :
        run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
        < is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string; .. >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node list ->
        result_path:string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
    end
  module Cat :
    sig
      val concat :
        run_with:Biokepi_run_environment.Machine.t ->
        < is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string; .. >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node list ->
        result_path:string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val cat_folder :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        ?depends_on:< is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; .. >
                    Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node list ->
        files_gzipped:bool ->
        folder:string ->
        destination:string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
    end
  module Download :
    sig
      val wget_program :
        ?output_filename:string -> string -> Common.KEDSL.Program.t
      val wget_to_folder :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        test_file:string ->
        destination:string ->
        string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val wget :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        string ->
        string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val wget_gunzip :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        destination:string ->
        string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val wget_untar :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        destination_folder:string ->
        tar_contains:string ->
        string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
    end
  module Vcftools :
    sig
      val vcf_process_n_to_1_no_machine :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        vcftools:Biokepi_run_environment.Machine.Tool.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->
        vcfs:< is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string; .. >
             Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node list ->
        final_vcf:string ->
        string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val vcf_concat_no_machine :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        vcftools:Biokepi_run_environment.Machine.Tool.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->
        < is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string; .. >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node list ->
        final_vcf:string ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
      val vcf_sort_no_machine :
        host:Common.KEDSL.Host.t ->
        vcftools:Biokepi_run_environment.Machine.Tool.t ->
        run_program:Biokepi_run_environment.Machine.Make_fun.t ->
        ?more_edges:Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_edge list ->
        src:< is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string; .. >
            Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node ->
        dest:string ->
        unit ->
        < exists : Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_bigger_than : int -> Ketrew_pure.Target.Condition.t;
          is_done : Common.KEDSL.Condition.t option; path : string >
        Biokepi_run_environment.Common.KEDSL.workflow_node
    end
end